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Javaアプリケーションの動作について&参加希望



ML: linux-zaurus@xxxxxxxxxxx
新メンバー: shimotsuki@xxxx

 こんばんは、先日C750を購入した霜月と申します。

 さて、私は東北にある某国立大学で大学院生をやっています。
 Zaurusを購入したのは研究に利用するアプリケーションが動く・動きそ
 うだったからです。
 というわけで購入後早速色々といじくっていたわけですが、一番動いて
 欲しいものに限って動いてくれないんですねこれが。
 その一つが
TraceViewer
http://www.codoncode.com/TraceViewer/
 というもので、Javaアプリケーションになっています。
 これはDNA塩基配列読み取り装置(オートシーケンサ)からの出力ファイ
 ルを解析して実際の塩基配列と、装置からの出力波形データとを並べて
 表示してくれるソフトウェアです。
 通常、機械による波形データ解析だけではエラーが混入したり十分に読
 めるデータをうまく取得してくれなかったりするため、塩基配列と装置
 からの出力波形とを並べて表示し、人間の目で確認する必要があります。
 このソフトは
Phred
http://www.phrap.org/
 というソフトが出力する塩基配列の信頼性データも表示することで、確
 認作業を助けてくれる便利なソフトなんですが、PCの前で気合いを入れ
 て作業をするのは非常に疲れるので、Zaurusで動いてくれると寝転がり
 ながら作業できるので非常に嬉しいわけです(逆に、寝ぼけてミスが増
 えたりして・・・)。

 配布ファイルはZeroG Softwareとやらのうざいインストーラを使ってい
 るんですが、インストール後に必要なファイルをjarにまとめてipkにし
 てみました。
 Windows上でjarが正常に動作することは確認済みです。
 しかし、Zaurus上では今のところ正常に動作していません。
 以下、やったことを書きます。

 TraceViewerをWindowsマシンにインストール
 
 インストールディレクトリのlax.jar、swingall.jar、TraceViewer.jar
 を展開する
 
 展開したファイル・ディレクトリ群を単一のディレクトリに入れて
jar cvfm codoncode.jar MANIFEST ディレクトリ
 を実行して単一のjarファイルにまとめる
 MANIFESTの中身には
main-class: codoncode.traceviewer.TraceViewWindow
 という行を含める

IpkMaker
http://www.tacktech.co.jp/windows.html
 を使用してipkを作成
 実行スクリプトの中身は
. /home/QtPalmtop/bin/installdir.sh #set INSTALLDIR
$QPEDIR/j2me/bin/cvm -XappName=runTraceViewer -jar $INSTALLDIR/java/codoncode.jar
 としています。

 Zaurusにインストール(本体メモリにインストール)
 動作せず(爆発アイコンのまま停止)
 VGA画面に最適化はしていません(しても同じ)
 root権限も設定していません(これもしても同じ)

 embeddedkonsole-jaで、
/home/QtPalmtop/j2me/bin/cvm -XappName=runTraceViewer -jar /home/QtPalmtop/java/codoncode.jar
 すると、以下のようなメッセージが出て停止する
Display size = 480x640
java.lang.NoSuchMethodError: java.lang.String: method getBytes(II[BI)V not found
	at com.apple.mrj.MRJOSType.<init>(Ljava/lang/String;)V(Unknown Source)
	at codoncode.traceviewer.TraceViewWindow.<init>(Z)V(Unknown Source)
	at codoncode.traceviewer.TraceViewWindow.<init>([Ljava/lang/String;)V(Unknown Source)
	at codoncode.traceviewer.TraceViewWindow.main([Ljava/lang/String;)V(Unknown Source)

 J2SDK1.3.1_09のrt.jarとZaurusのpersonal.jarを展開し、rt.jarの展
 開ファイル群にpersonal.jarの展開ファイル群を上書き
 上記ファイル群のあるディレクトリをカレントとして
jar cvf personal.jar .
 として作成したpersonal.jarを/home/QtPalmtop/j2me/libに置く

 変化無し

 というところで手詰まりになっています。

 何かアドバイスがありましたらよろしくお願いします。
 他に必要な情報などありましたら仰って下さい。

#っていうかなんでStandardEdition採用してくれへんねんまったく・・。
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Kissui Shimotsuki <mls@xxxxxxxxxxxx>


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